Les enjeux économiques liés à l'exploitation d'une ferme aquacole sont importants. Un filet dégradé ou un individu malade peut rapidement mettre en péril le cheptel entier soit par la fuite des individus dans le milieu naturel (avec un risque de croisement pour la faune sauvage) soit par la propagation à l'ensemble de l'exploitation d'un parasite (le pou du saumon est l'exemple le plus connu). Les propriétaires d'étangs cherchent quant à eux à sécuriser leur domaine en détectant des traces d'intrusion par voie terrestre et des reliquats de filet de contrebande. Les carpes font depuis quelques années déjà l'objet d'un trafic lucratif. Un beau spécimen de 30 kg qui a la capacité d'attirer de nombreux pêcheurs lors des concours de pêche peut se négocier 5000 euros ou davantage. Pour lutter contre ce fléau, les propriétaires d'étangs ont d'ailleurs commencé à s'équiper de scanners de puces électroniques de type vétérinaire afin d'identifier les poissons leur appartenant. Les carpes sont en effet de plus en plus munies d'implants d'identification électronique. A ce dispositif s'ajoute donc désormais le drone d'inspection.  

Les drones sous-marins sont donc utilisés pour inspecter l'état des cages et filets des fermes aquacoles. Ces drones sont munis de sonars, caméras haute résolution et d'éclairages puissants susceptibles de percer l'opacité des eaux les plus chargées en sédiments. L'autonomie autorisée par les batteries modernes permet d'envisager des missions d'inspection d'une dizaine d'heures. L'avantage de l'emploi des drones sous-marins réside dans la moindre perturbation des élevages par rapport aux méthodes conventionnelles d'inspection par plongeurs.

Après les drones agricoles, voici donc les drones piscicoles. Les drones aériens sont employés en pisciculture pour identifier des traces de passage ou d'intrusion à des étangs dont les motifs apparaissent plus nettement en prenant de la hauteur compte tenu parfois de conditions d'accès terrestres complexes.